在广袤安宁的原始森林中，快乐的蓝精灵们正在准备一年一度的蓝月亮节。而就在这欢喜忙碌的关头，他们的宿敌——邪恶的巫师格格巫（汉克·阿扎瑞亚HankAzaria饰）和他的宠物阿兹猫闯入了蓝精灵的秘密领地。受到惊吓的蓝精灵四散而逃，其中可怜的笨笨（安东·尤金AntonYelchin配音）则盲打误撞跑进了据说曾经死掉99个蓝精灵的瀑布进去。最终，笨笨连同营救他的蓝爸爸、蓝妹妹、聪聪等卷入了神秘的漩涡，来到了美国纽约的中央花园。在这个完全陌生的世界，他们得到化妆品业的帕特里克（尼尔·帕特里克•哈里斯NeilPatrickHarris配音）的帮助。为了返回大森林，蓝精灵们想尽各种办法。与此同时，格格巫和阿兹猫也来到纽约

　　蔚蓝宁静的大海中，生活着一对好朋友，大白鲨大猪和小竹鲨泡泡，他们终日在珊瑚礁之间穿梭游弋，注视着即将来到这个世界上的同类小伙伴。可是，贪婪的人类潜至洋底，肆意捕捞鲨鱼卵，只为满足口腹之欲。与此同时，无良的现代化工厂任意倾倒废水废料，蔚蓝的大海变得污浊不堪。大猪和泡泡各有各的烦恼，大猪一直都以轮胎为食，如今却希望能尝尝新的食物；泡泡眼见鲨鱼卵被同胞捕获，他希望能借助章鱼博士的帮助去陆地营救他的同伴。
　　人类对海洋的破坏越来越严重，而海里的动物们也似乎正准备联合起来拯救他们的家园……

月朗星稀之夜，阿宝（杰克·布莱克 Jack Black 配音）与悍娇虎（安吉丽娜·朱莉 Angelina Jolie 配音）、快螳螂（塞斯·罗根 Seth Rogen 配音）潜入新一届武术大会的博物馆，这里陈列着风暴铁牛侠（Dennis Haysbert 配音）、流星鳄大侠（Anthony Leondis 配音）、雷霆犀牛侠（Paul Scheer 配音）等功夫大师的经典兵器，阿宝为此兴奋不已。当然，这里还有关于苏武三姐妹（Sumalee Montano 配音）的物件。阿宝向朋友们讲述了很久以前的武林故事：当年苏武三姐妹横行中原，她们仅凭一双筷子就挫败了强大的豺狼帝国。当她们从帝国监狱逃脱后，开始图谋联合武林败类称霸全国的计划。为了阻止她们的野心，乌龟大师（Randall Duk Kim 配音）找到了当时功夫了了却醉心名利的风暴铁牛侠、流星鳄大侠和雷霆犀牛侠（Paul Scheer 配音），结伴前往苏武三姐妹的老巢……