主角·山本大介在年幼时因飞机失事而流落南美的亚玛逊河流，但奇迹的是他能够靠自己一个人生活下去，更在森林中练就一身钢铁般的身躯。但此时邪恶组织·基度想利用古代印加文明征服世界，为了对抗基度，古代印加文明的承继兼守护者巴哥长老对山本大介施手术，并于左臂殖入印加秘宝叽叽腕轮，将他改造而成的神秘战士蜥蜴改造人·假面骑士亚玛逊。大介之后回到日本欲查明自己身世，进而展开与入侵日本的十面鬼率领之基度组织对抗的命运。
故事讲述了拥有非凡语言天赋和好奇心的年轻人井岛苍太，为了调查身为翻译的父亲失踪的事件，从江户来到国际都市长崎。一场长崎独有的走私案件随之而来，而随着神秘男子小津雄星的出现，苍太被卷入了一场意想不到的阴谋。
地球的逃亡者罗米前往贫瘠荒芜的地外宇宙星球“伊甸17”克服磨难、寻求新生，然而漫长的岁月无法磨灭她心中对故乡（地球）的思念。在外星小孩可姆的帮助下，她踏上了返回地球寻找身份认同之旅......
