张漾（郑凯 饰）和李珥（米咪 饰）之间的感情最终还是以分手告终，之后，稍稍平复了心绪的李珥来到了天中，成为了那里的一名老师。李珥不拘小节大大咧咧的作风吸引了男生段柏文（陈哲远 饰）的注意，在他的内心里播种下了懵懂的种子。 于池子（李兰迪 饰）是段柏文青梅竹马的好友，然而，她对后者的感情早就已经超越了友谊，只是于池子选择将这份爱恋深深的埋藏在心底。一次偶然之中，于池子发现自己最好的朋友斯嘉丽（余芷慧 饰）和段柏文之间似乎有着说不清道不明的关系。愤怒和绝望之中，深感遭到背叛的于池子决定向斯嘉丽复仇，让她也尝一尝痛苦的滋味。
在少林寺传奇3的演员阵容颇为豪华，除了第一部的李渊、谢苗、孙卉凝、潘元甲等老班底，还加入了嵩山少林寺武僧--徐鹏军（法名：释延君）和武打童星曹骏，全国武术冠军许明虎，以及大哥大--洪金宝的加盟！另外，鲍国安将再次与都晓导演合作，出演《少林寺传奇3》。曾在《少林寺传奇1》中，鲍国安饰演剧中的少林寺方丈，深受观众的喜爱，这次鲍国安老师再次扮演少林寺方丈。计春华则将从以往的反面变身正派！
南宋初年，全真派大侠丘处机（周浩东 饰）结识两位忠良之后杨铁心（丁海峰 饰）与郭啸天，两位的内人都已怀孕，丘处机为尚未出生的孩子取名杨康与郭靖，借以纪念“靖康之变”。不料丘处机为两家人招来杀身之祸，郭啸天身亡，杨铁心重伤，妻子包惜弱（何晴 饰）被掳走。成年后的杨康（周杰 饰）在金王府长大，认了完颜洪烈（鲍大志 饰）做父亲，天资聪明。而郭靖（李亚鹏 饰）留在了大漠，被母亲李萍（吕丽萍 饰）抚养长大，虽然天资愚笨，但却有江南六怪的悉心教导，得到铁木真（巴森 饰）的赏识，并把女儿华筝（阿斯茹 饰）许配给他。可是造化弄人，在郭靖与师父前往江南寻找杨铁心一家下落时，他遇到东邪黄药师（曹培昌 饰）之女黄蓉（周迅 饰），两人日久生情，此时杨铁心带着义女穆念慈（蒋勤勤 饰）也出现在江湖中，穆念慈与杨康一见钟情，可杨康却逐渐走向邪道。郭靖与黄蓉闯荡江湖的途中见识了武林中的各种奇人义士，北丐洪七公（孙海英 饰）、西毒欧阳锋（尤勇 饰）、欧阳克（修庆 饰）、梅超风（杨丽萍 饰）等人纷纷登场。经历磨难，郭靖终于练成神功，成为一代大侠。
辽东市公安局为加强队伍建设，成立了以督查部门牵头的“清网办”，集合了刑侦，督查，技侦等各部门的精英分子参与此次行动。主人公冯鸿涛是刑侦支队的支队长。他工作严谨，思维缜密，而且有着过人的侦查能力。在这次“清网行动”中他投放了大量的精力去抓捕“杀手冷”。然而冷宝军却是个极端狡猾的犯罪分子，他不断地从警方的视线中逃脱，同时又不断地在全国各地作案，使侦破工作举步维艰。随着时间的推移，一个又一个的在逃犯被缉拿归案，辽东市“清网办”的战功也在全国排到了前列，就在清网行动接近尾声的时候，冯鸿涛和“清网办”的骨干成员终于凭借他们敏锐的侦查力和判断力发现了冷宝军的踪迹，最终在一所医院里锁定了身穿白大褂，乔装成医生准备逃离现场的“杀手冷”。
十六岁少年时，朱允炆偶遇女乐坊的小女伶荷花，并结为好友。祖父残暴，仁慈的父亲无力改变加之其体弱导致早逝，让小允炆迷失，难过，不知所错，幸得荷花的陪伴和父亲好友方孝孺的提点。 朱标去世后，朱元璋的几个儿子都对太子之位虎视眈眈，尤其是皇四子燕王朱棣。正恰此时边疆有贼匪来犯，朱元璋派几个皇子分几路去讨伐，朱棣以为这是考验，谁干的好就可以登上太子之位，谁知朱元璋早有打算，在朱棣在外打仗的时候就立了朱允炆为皇太孙。少年朱允炆推辞不受，和荷花偷跑出皇宫玩耍，一番周折后被救回宫。朱元璋却对此事并不知情，此时他正忙着将开国的老臣子一个个找理由清除掉，以便给朱允炆留一个便于管理的国家。 马皇后因病，朱允炆恐惧、无助下选择娶亲冲喜，荷花难过并于次日上吊，幸被教坊师傅沈玉娘救起并带出宫。 三年后朱元璋去世，去世之前担心燕王朱棣会对朱允炆不利，要求陈迪保护允炆。 朱允炆继位后，尊方孝孺为老师，重用黄子澄、齐泰等人，施行仁政。在位三年，平反了一些冤案，人民得以休养生息。政治需要下，要做削藩举措，这时燕王朱棣抓住机会，起兵篡位，朱允炆顾及宗亲之谊和叔侄情分，且他本人懦弱 决断力不强，下旨让守城将士不许伤及朱棣，以致多次错失平乱良机。燕王趁机攻至京城，在尚有外地兵将可以调动，并未完全战败的情况下，建文为解除官兵及百姓的苦难而自愿火烧宫殿殉难。并留下遗书分别给皇叔朱棣和奶奶陈迪 方孝孺等人。 过了几日，朱允炆在破庙醒来，原来被贴身小太监丁宁从火场救走。这期间，朱棣篡位登基后，不服的官员自杀的几百人，逃走的几百人，剩下的都被朱棣予以诛九族甚至诛十族，一时间京城牢狱人满为患，血流成河，包括前朝旧臣方孝孺、陈迪、黄子澄、齐泰等。 想到文武百官、恩师亲人及无辜的人因他而惨死，建文誓言复仇，于是在风声鹤唳中逃亡。他和丁宁二人流亡到小镇，受到华师傅和华大叔养子华大柱的帮助，几次被救，并与之前的乐坊师傅沈玉娘、荷花等人重逢。在等机会往南方逃亡的时间，见到了隐姓埋名以挑粪维生的妻子玉洁和奶奶，祖孙相见后奶奶鼓励允炆把属于他的东西拿回来，重返奉天殿。在得到朱允炆的保证后奶奶安然去世。玉洁因精神支柱奶奶的故去，更加看破红尘，出家了。 因朱允炆觉得去南方前途未卜一路凶险不方便带着荷花，荷花心灰意冷自己上路流浪了。华大柱担心荷花，一心要找荷花，就没有跟着华师傅朱允炆一同前往，因缘际会打误撞的跟着吕公公等人走了。华师傅带着朱允炆上路，山路上被赶来的锦衣卫吕公公的人赶上，打斗后华师傅等人都死了，朱允炆和小太监死里逃生，几经苦难到了云南。 朱允炆投奔皇叔沐王，热情的堂妹凤凰公主并不知其真实身份，以为只是表兄，见他温和有礼，对他产生情愫，导致不愿嫁给皇上赐婚的纪家公子。 在沐王府凤凰公主为“表兄”安排的接风宴席上，朱允炆又听到了熟悉的曲子，得以与荷花重逢。荷花在这里已是王府乐坊的教席，并化名为莲蓬。 凤凰公主因幼年丧母，身边只有一个丫鬟为伴，活泼任性，遇事没人帮忙的时候就来乐坊找莲蓬师傅来出主意。公主执意不肯嫁人，沐王无奈只好进京跟朱棣禀明，谎称公主生病无法嫁人要退婚。朱棣本想借此机会予以削藩，又觉得理由不够充分，这时得知建文殉帝就在沐王府，就安排吕公公的亲信--华大柱去沐王府生擒朱允炆。 华大柱到沐王府后和朱允炆、荷花重逢。皇帝之前派去王府的暗哨告知华大柱，他要生擒的对象就是之前和他在小镇上关系很好的那对兄弟，华大柱很震惊接受不能，绑上朱允炆本要带他回京，中途他被带到华师傅的坟前，遂改变了主意，又带着朱允炆回了沐王府。 凤凰公主找机会对朱允炆表白，想要和他一起在岭南厮守终生。此事被沐王得知，教育了公主一顿， 并告知公主那人不是表兄是宗亲。公主觉得被老天愚弄了。很不开心。 沐王因去京城退婚，回来后觉得王爷爵位不保，有意和朱允炆一起复位，并开始部署人马。这些人忙碌之余，无暇顾及公主的感受。公主觉得父王鄙视她不再疼惜她了，在举事前一天晚上将母亲的遗物凤凰簪子插在自己的胸口自杀身亡。当晚朱允炆的房间来了一批刺客，华大柱为了保护朱允炆，也在厮杀中身亡。 这时复仇的计划已完善，大军组成，沐王虽痛失独生女，仍履行诺言，欲助建文帝复位。但建文帝遭遇公主自杀，华大柱去世等变故，更加看透人生，不愿再造成另一场腥风血雨，不愿生灵再为他惨死，建文帝，决定把之前逃难带出来的玉玺还给朱棣，然后与一直以来追随他的小太监丁宁告别 一个人去流浪了。
从小在省委大院长大的杨志南与同是高干子女的尚莉莉偶然邂逅，两情相悦。而与志南一同长大的同学兼好友周海涛竟也同时爱上了莉莉。志南的母亲却早已把有望成为省委副书记的宋光明之女宋乔娅看作内定的理想儿媳，因为这对志南的父亲、副省长杨越清在政治上是有帮助的。周海涛的妹妹周海青与志南青梅竹马，她错位地把兄妹情当作爱情，于是她找到莉莉和乔娅大闹了一场。 对越自卫反击战打响了，志南义无返顾地回到部队。莉莉鸿雁传书、苦苦等候的结果却是志南牺牲的噩耗。海青很快从悲痛中自拔，乔娅则与新欢打的火热，只有莉莉痛不欲生。海涛默默地陪伴在莉莉身边，极尽抚慰，莉莉被海涛的万般柔情所感动，准备接受他的爱。 志南回来了，原来部队报错了牺牲人员名单。面对突如其来的变故，莉莉不知如何是好。志南决定奉父母之命娶宋乔娅为妻。依然深爱志南的莉莉则不顾一切地让志南亲眼目睹了宋乔娅的丑态。 莉莉的父亲尚学峰被任命为省委书记，海涛受到尚学峰的赏识，被提拔为省委办公厅主任，春风得意。尚学峰力主修建的高架桥因建筑队偷工减料而坍塌了，尚学峰与志南的父亲杨越青受到免职处分，志南母亲怕受牵连，跪求儿子与莉莉分手。志南难以在亲情与受情之间做出抉择，毅然离开。 转眼六年过去，志南依然杳无音讯，苦等志南的莉莉坚信奇迹会出现。已身为轻工局局长的海涛对莉莉感情依旧。 志南在深圳发展，并很快抓住了机遇成为暴发户。他给莉莉寄来了五十万元钱，莉莉却误认为这是志南的感情买断金，伤心之余，她决定与海涛结婚。就在这个时候，她突然获悉六年前高架桥事件的元凶及慝名检举信均系海涛所为。莉莉更是万念俱焚，她闪电般地与小市民习气十足的医生钱书明领取了结婚证。待志南从深圳赶回来与莉莉消除误会时，莉莉已无法与钱书明解除婚约。 志南的生意出现了问题，致使其被捕入狱。而婚后的莉莉与钱书明也终日争吵不休，这再次激起了她对志南的思念。 志南出狱了，两个相爱的人久别重逢，喜极而泣。莉莉决心离婚，再也不离开志南，而志南却说面对生活压力的贫穷夫妻无幸福可言。他再次离开莉莉，回到曾经的生活轨迹中去。
