宫藤芳佳加入了人类防线“第501统合战斗航空团”！……但关键的敌人·涅洛伊却迟迟不来，众人过着并非战斗而是忙于炊事洗衣的每一天。一边被充满个性的队员们折腾得团团转，时而吐槽时而响应，芳佳与愉快的魔

这是一段攻壳机动队成立前夕鲜为人知而又影响深远的故事。2027年6月6日的一天，隶属陆军机密部队501机关的真室中佐（宫内敦士 配音）在闹市街头被人杀害，此前他曾陷入军火买卖的贿赂丑闻不得脱身，他

为了对抗突然出现的人类之敌「涅洛伊」，世界各国组成了联合军。但能够与他们对抗的，仅有具备特殊魔力的少女们而已……。由联合军主导的柏林夺还作战终于启动，再次成军的第501统合战斗航空团「强袭魔女」，

公元5012年。突然降临的外星人，和其制造的机械生命体，让人类陷入了灭绝的危机。只有极少一部分人类逃到了月球，为了夺回地球，他们使用人造人士兵开始了反攻行动。但是面对能够无限增殖的机械生命体，战斗陷入胶着。为此，人类派遣最终兵器——由新型人造人组成的“寄叶部队”前往地球。刚被派到地球的“2B”和先行调查员“9S”会合，准备执行任务，却在途中遇到了各种难以解释的现象……这是讲述为人类不停战斗的，没有生命的“人造人”的故事——