主角工藤新一原本是一位颇具名声的高中生侦探，在目击黑暗组织的地下交易后，正准备追踪时却被突袭击昏，并被灌下代号为“APTX4869”的不明药物。后来虽然幸免于死，但身体就此缩小为小学时期的模样。之后他化名为江户川柯南，在邻居阿笠博士的建议下，寄住在女友毛利兰的父亲—侦探毛利小五郎家中，继续秘密从事追查黑暗组织的工作，并私下探寻获得解药的管道，希望能够恢复原来新一的样貌。与此同时，柯南凭着自己的推理天份，配合阿笠博士为他发明的道具，帮助毛利小五郎成为出名的大侦探。故事内容当中穿插许多爱情、友情、犯罪、背叛、

偏远小城的文学青年桑梓，来到北方某海宾城市，在一家报社临时供职。报社同事毛利一直对桑梓有好感。... 偏远小城的文学青年桑梓，来到北方某海宾城市，在一家报社临时供职。报社同事毛利一直对桑梓有好感。

　　名侦探柯南真人版再次复活！不过这次上场的是变身为柯南前三个月的工藤新一的故事。爱好推理的高中生工藤新一（沟端淳平 饰）和其青梅竹马毛利兰（忽那汐里 饰）一直过着紧张又不失甜蜜的生活。这天，新一却收到了疑似来自他的粉丝的挑战书，这个挑战书的背后是多个案件组成的连环推理，一环套一环，如同闯关游戏。新一、小兰、小兰的爸爸毛利小五郎（阵内孝则 饰）在一个密闭的房间里苏醒，等待他们的将是乌云密布的案件和处处有危机的现场。新一能否攻克重重障碍，最终走到答案揭晓的时刻呢？ 　　本片改编自漫画家青山刚昌的同名漫画，